Ten tijde van de ingebruikname van de tunnel waren er geen capaciteitsproblemen op het spoor en zijn de bovengenoemde maatregelen met ruime marges ingevoerd. De opvolgtijd tussen een goederentrein en een andere trein is dan ook groot.

In de huidige tijd is elke seconde die te winnen is in de opvolgtijd echter van grote waarde. ProRail heeft daarom onderzoek gedaan naar de mogelijkheden om het X/G regime zodanig aan te passen dat de opvolgtijd verkort wordt zonder dat de veiligheid in het geding komt. Deze mogelijkheden zijn gevonden in het verkleinen van de lengte van het baanvak dat vrij moet zijn voordat een goederentrein de tunnel in mag en het baanvak dat nog vrij moet blijven, totdat een goederentrein de tunnel verlaten heeft.

Deze aanpassingen worden gerealiseerd in het project “Aanpassen X/G regime Willemsspoortunnel”. Concreet houdt het project in dat enkele seinen verplaatst moeten worden en dat de zogenaamde interlocking (systeem dat sporen en wissels tegen elkaar vergrendeld) aangepast moet worden. Het project is in 2006 gestart en zal in 2009 klaar zijn.